Główną zaletą wewnętrznych filtrów akwariowych jest przede wszystkim ich cena. Nie jest tak wysoka w zakupie jak filtry zewnętrzne, które mają większą objętość filtratu i są umieszczenie poza akwarium.Istnieją trzy podstawowe typy filtrów wewnętrznych. Po pierwsze filtry s silniczkiem, które są kompaktowe i zawierają w sobie jednocześnie pompkę oraz gąbkę filtracyjną. Ich wada jest to, że nie posiadają zbyt dużo materiału filtracyjnego. Do najbardziej znanych pionierów filtrów z silniczkiem zaliczamy filtry wewnętrzne Eheim. Kolejną możliwością jest zakup pompy głowicowej, która jest używana jako pompa przez którą przechodzi woda, na która zamontujemy kostkę z gąbki . W ten sposób otrzymamy więcej miejsca na materiał filtracyjny. Ostatnim typem są tzw. bąbelki powietrzne, które podłącza się do urządzenia napowietrzającego . Te są odpowiednie raczej do małych akwariów do 50 litrów.